Część morfologii mniszka lekarskiego to między innymi łodyga, która stanowi podstawę do tego, aby mógł w ogóle zakwitnąć i się rozmnażać, ponieważ gdyby zabraknęło łodygi nie mógłby mniszek wykształcić kwiatu, a co za tym idzie nie mogłyby powstać nasiona, a w konsekwencji nawet nie byłoby możliwości rozmnożenia tej rośliny i gatunek byłby skazany na wymarcie i to w bardzo szybkim tempie. Mniszka lekarskiego zaliczamy do roślin długoletnich. Mniszek lekarski wykształca łodygę, która jest prosta, przypominająca pal, bardzo charakterystyczne dla mniszka lekarskiego jest to, że łodyga jest w środku pusta i owalna. Po zerwaniu łodygi na miejscach rozerwanych wykształca się mleczko, które jest niebywale gorzkie i nie nadaje się do spożycia. Łodyga początkowo jest bardzo wełniście pokryta mchem, następnie w trakcie rozwoju zaczyna tracić to pokrycie i robi się zupełni gładka, a co za tym idzie nabiera pięknego zielonego koloru, ewentualnie czasami robi się delikatnie brązowa, co jest dość charakterystyczne.