Kolejna część morfologii mniszka lekarskiego to nic innego jak korzeń,, ponieważ jest to część, bez której mniszek lekarski nie jest w stanie przeżyć nawet jednego dnia. Jeżeli pozbawimy tą roślinę korzenia to nie ma ona szans na przeżycie. Korzeń jest to oczywiście część podziemna, której zazwyczaj nie widać w najmniejszym stopniu i jeżeli chcemy zbadać korzeń mniszka lekarskiego to jasna sprawa, że musimy całą roślinę wyrwać z ziemi. Korzeń tej rośliny jest bardzo charakterystyczny, ponieważ jest on niezwykle gruby w stosunku do całej rośliny, jest również przez botaników określany mianem spichrzowego. Jest os dość długi, co czyni go całkiem rozsądną kotwicą całej rośliny, dzięki temu trudno ją wydostać z gleby. Jeżeli gleba, w której rośnie mniszek lekarski jest miękka i dość żyzna korzeń jest bardzo gruby i dodatkowo prostu, ponieważ rośnie w dół, a jeżeli mniszek rośnie na glebie kamienistej, że nie może się rozwijać w dół, to oczywiście jego korzeń jest często rozgałęziony, co jednak jest dość rzadkim widokiem w przyrodzie.